Кафедра общей ядерной физики существует со времени образования Отделения ядерной физики на Физическом факультете МГУ. Основными направлениями подготовки студентов на тот момент были физика пучков заряженных частиц и физика плазмы, а также изучение возбужденных состояний атомных ядер. Одновременно с подготовкой студентов сотрудники кафедры преподавали заключительный раздел курса общей физики — физику ядра и частиц студентам физического факультета МГУ, что включает чтение лекций, семинарские занятия и практикум. В 1987 году кафедра получила новое наименование «Кафедра общей ядерной физики». Заведующим кафедрой был избран профессор Борис Саркисович Ишханов, который руководил ею до 2020 года.
В настоящее время кафедра общей ядерной физики ведет экспериментальные и теоретические исследования в широком спектре научных направлений от физики высоких энергий (элементарные частицы и фундаментальные взаимодействия) до ядерной физики низких энергий и квантовых систем атомного уровня. Кафедра готовит как экспериментаторов, так и теоретиков, а также специалистов по новейшим компьютерным методам в физике и технике. Большое число студентов обучается в аспирантуре. Научная работа ведется в МГУ, ведущих московских институтах и зарубежных научных центрах (Италия, Франция, Швейцария, США, Германия, Япония и др.).